- Поликлиника
- Диагностические службы
- Отделения стационара
- Отделение радиотерапии
- Отделение онкогинекологии
- Онкологическое абдоминальное отделение (Хирургическое отделение)
- Онкологическое торакальное отделение
- Отделение онкоурологии
- Онкологическое отделение опухолей молочной железы и кожи
- Отделение противоопухолевой лекарственной терапии
- Отделение анестезиологии-реанимации с палатами реанимации и интенсивной терапии
- Операционный блок
- Дневной стационар
- Организационно-методический отдел
- Администрация ГБУЗ ЯО «Клиническая онкологическая больница»
- Отдел обеспечения эксплуатации медицинской и информационной техники
- Отдел телемедицины и информационных технологий
- Отдел контроля качества медицинской помощи



